Богородице-Олексіївський монастир - православний чоловічий монастир у Томську, знаходиться в юрисдикції Томської єпархії Російської православної церкви.
Монастир було засновано у 1605 році при гирлі річки Киргизки на Юртачній горі. Страждав від набігів сибірських народів (калмиків, телеутів, киргизів). У 1656 році було спалено єдину монастирську церкву Казанської ікони Богородиці. Після цього було ухвалено рішення перенести монастир у безпечніше місце на берег річки Ушайки. Будівництво нового монастиря було завершено у 1663 році.
З Богородиці-Олексіївського монастиря здійснювалося керівництво іншими вісьмома сибірськими монастирями, що входили до Томського розряду. Монастир до 1764 року був єдиним у Томській губернії власником 400 кріпаків, а також мав земельні угіддя на річках Томі та Обі. У XVII столітті при монастирі було відкрито лікарню, а 1746 року перша томська школа - Томське російське духовне училище (1762 року перетворено на російсько-латинське). Також при монастирі з 1858 діяла духовна семінарія з великою бібліотекою.
Монастир, як та інші сибірські обителі, був місцем заслання порушників монастирських статутів. Також у ньому містилися і світські особи. Так, наприкінці 1720-х роках у монастирі під арештом знаходився Абрам Ганнібал (прадід Олександра Пушкіна), засланий до Сибіру за вказівкою князя Меншикова.
Головним монастирським храмом є Казанська церква, що має також вівтарі на честь Алексія, людини Божої та святих Флора та Лавра. Спочатку споруда була дерев'яна, неодноразово згоряла. У 1789 році було збудовано сучасну кам'яну церковну будівлю в стилі сибірського бароко. У 1830-ті роки монастир оточили кам'яними стінами та баштами-каплицями (проект томського архітектора К. Турського). На території знаходилися сад, озеро, літні келії та цвинтар.
У 1864 році на монастирському цвинтарі був похований старець Федір Кузьмич, що ототожнюється в легендах з імператором Олександром I. У 1904 році над його могилою за проектом архітектора Вікентія Оржешко було збудовано каплицю.
1922 року сам монастир було закрито, але громада віруючих при Казанському храмі існувала до 1929 року. Ченці в цей період проживали під арештом у братському корпусі, а після закриття храму разом з архімандритом були страчені на горі Каштак.
У 1992 році Казанська церква та келійний корпус монастиря повернули віруючим. Почалося регулярне богослужіння. 5 липня 1995 року у вигрібній ямі на місці зруйнованої каплиці Федора Кузьмича було знайдено його мощі, які стали головною монастирською реліквією. У 1997 році було відновлено каплицю святого.
Паломницькі поїздки до Богородиці-Олексіївського монастиря у м. Томськ
Фото: Богородиці-Олексіївський монастир
Фото та опис
Богородице-Олексіївський монастир у Томську – це одна з культових пам'яток міста. Монастир був заснований 1605 р. на річці Велика Киргизка, за дев'ять верст від міста Томська. Тоді він звався Усть-Киргизький. Незважаючи на те, що обитель мала дуже гарне зміцнення і знаходилася в оточенні оборонних ровів, вона постійно зазнавала набігів татар і кочових киргизів.
1656 р. внаслідок пожежі повністю згорів дерев'яний храм монастиря. У 1657 р. обитель перенесли на нове місце – Юрточну гору, Томський острог. У 1662 р. на території монастиря було збудовано перший дерев'яний трипрестольний храм в ім'я Казанської ікони Божої Матері, з двома вівтарями, присвяченими мученикам Флору та Лавру, та преподобному Олексію, людині Божій.
У 1681 р. монастир був одним із найстаріших сибірських храмів, тому цар Феодор Олексійович прийняв його під особисте заступництво. У 1698 р. за монастиря відкрили першу в Томську школу. З XVII ст. тут почала діяти перша у місті богадільня та лікарня. У 1764 р. Богородице-Олексіївський монастир увійшов до штатних і був зарахований до третього класу.
Перший камінь сучасного храму монастиря заклали в 1776 р. Через три роки відбулося освячення бічних болів, а в 1789 р. - головного вівтаря храму в ім'я Казанської ікони Божої Матері. Казанський храм був побудований в архітектурних традиціях школи Сибірського бароко, ставши першою кам'яною спорудою міста. На території Богородиці-Олексіївського монастиря знаходиться один із найдавніших цвинтарів Томська.
У 1830-ті роки. навколо монастиря звели кам'яні стіни та башти-каплиці. Автором цього проекту виступив томський архітектор К. Г. Турський. На території монастиря знаходилися літні келії, озеро, сад і цвинтар, а на південь - монастирський гай, який зберігався до початку XX ст.
1922 р. монастир закрили. У 1941-1945 pp. його використовували як військовий шпиталь. Через деякий час монастирські будинки, у тому числі й частково розібрану Казанську церкву, передали Томському педагогічному технікуму. У 1992 р. будівлю Казанської церкви та частину келійного корпусу передали у відання Томському благочинню РПЦ. Монастир відновлювали практично з руїн.
На сьогоднішній день Богородице-Олексіївський монастир - один із найстаріших діючих православних монастирів на півдні Сибіру.
Богородице-Олексіївський монастир заснований 1605р. (Рік пізніше будівництва томського острогу). Спочатку церква та будівлі монастиря були побудовані з дерева і знаходилися за 9 верст від острогу в гирлі річки Велика Киргизка. Він називався Усть-Киргизьким чи Богородицьким. У перший рік монастир був зруйнований льодами під час весняної повені, після чого перенесений на версту вище за течією Великої Киргизки на високе місце. Однак і на новому місці спокійного життя не вийшло. Монастир піддавався регулярним нападам кочових киргизів і татар, а 1656г. внаслідок пожежі загинув храм. Після цього було ухвалено рішення перенести монастир під захист томського острогу на Юрточну гору.
Будівництво на Юрточній горі було завершено 1663р. Поруч із церквою Олексія Людини Божої, що стоїть на цьому місці понад 30 років, було зведено храм на честь Казанської ікони Божої Матері. З цього моменту він почав називатися Богородице-Олексіївським. Новий монастир являв собою фортецю, яка стала частиною оборонних споруд Томська. Водночас вони пережили не один напад кочівників.
У 1776р. було закладено кам'яний храм на честь Казанської ікони Божої Матері, будівництво якого було завершено 1789г. У 1836-1839 pp. за проектом першого томського єпископа Агапіта та за проектом томського губернського та єпархіального архітектора К.Г. Турського навколо монастиря було зведено кам'яну огорожу з чотирма вежами і трьома святими воротами. Справжньою окрасою монастиря стала дзвіниця кам'яного собору, збудована у 1860 році. У 1863 році на неї було піднято «Урочистий» 303-пудовий дзвін. У 1904р. на могилі старця Феодора Кузьмича (Феодора Томського), якого пов'язують з імператором Олександром I, було збудовано кам'яну каплицю.
Після становлення радянської влади влітку 1923р. монастир було закрито. Більшість ченців була схоплена і розстріляна на горі Каштак. Територію монастиря було передано Педагогічному училищу №2 та частково забудовано. Монастир поступово руйнувався попри те що, що у 1923г. було взято на облік музейним відділом Головнауки як пам'ятник старовини, що має державне значення. Дзвіниця головного храму, каплиця на могилі старця Феодора, кутові вежі та ворота були розібрані на цеглу.
У 80-х роках XX століття було проведено часткову реставрацію монастиря. Справжнє відродження почалося 1991р, коли його територію було передано віруючим. У 1995 р. відкрито відреставрований Казанський собор із знову відбудованою дзвіницею. У 1996р. повернено колишній настоятельський корпус, де тепер розміщуються чернечі келії. У 1998р. заново відбудовано каплицю св.прав. Феодора Томського.
Фотографія початку XX століття Казанського собору та внутрішнього двору монастиря.
Нижче представлені 2 архівні фотографії монастиря та вулиці Монастирської (нині Крилова). 1-а знята 1903г., друга - під час 1900-04гг.
Нині у такому ракурсі можна побачити лише частину огорожі та кутову вежу. Храм закритий п'ятиповерхівкою.
Наново відбудований фортечний мур тепер захищає не від нападу ворогів, а від мирської суєти. Тут постійно утворюється автомобільна пробка.
Церква Казанської ікони Божої Матері з відновленою дзвіницею.
Житловий корпус.
Архівна фотографія початку XX століття каплиці над місцем поховання св. Феодора Томського. Біля неї видно монастирський цвинтар.
Наразі цвинтаря немає, а каплиця знаходиться на ремонті.
На завершення посту ще одна архівна фотографія 1904р. На ній вид із дзвіниці Казанського храму у бік вул.Монастирської (Крилова) та Благовіщенської церкви (зараз на її місці пл.Батенькова). Фотографію помилково підписано як вул.Преображенську (нині Дзержинського).
________________________________________ ____________________________________
Додатково:
Найстаріший у Сибіру Богородиці-Олексіївський чоловічий монастир був заснований у 1605 році у гирлі річки Велика Киргизка. У 1658 році зі стратегічних міркувань монастир перенесли ближче до міста, на Юрточну гору, де й зрубали дерев'яну церкву в ім'я Олексія Божої Людини. 1754 року церква згоріла від удару блискавки. На її місці 1789 року збудовано кам'яний храм, освячений в ім'я Казанської ікони Божої Матері. З 1746 при монастирі існувала перша на томській землі школа - Томське російське духовне училище.
У 1923 році територія монастиря повністю була віддана під охорону держави, проте в 1928-1930 роках було знесено дзвіницю, частково розібрано церкву, а територію забудовано новими будинками. З 1979 Казанський собор реставрується.
Кам'яний замок монастиря з чотирма кутовими вежами та трьома святими воротами був збудований у 1836-1839 роках. за проектом першого томського єпископа Агапіта та за проектом томського губернського та єпархіального архітектора К.Г. Турського. Кам'яний двоповерховий братський корпус із покоями настоятеля збудовано у 1884 р. за проектом єпархіального архітектора В.В. Хабарова. Монастир був закритий у 1923 р. У 1979-1995 рр. проводилися роботи з реставрації Казанського храму монастиря у його первісному вигляді. У 1992 р. з благословення патріарха Олексія II відбулося відкриття монастиря.
За матеріалами сайту tomsk.gov.ru
В. Богородиці-Олексіївський монастир, 3 класи, у Томську. Заснований не раніше початку XVII століття, за 7 верст від Томська, при гирлі річки Киргизки, і називався Усть-Киргизьким. З нагоди частих набігів кігізів та калмиків перенесено у 1656-1662 роках на справжнє місце. У монастирі зберігається дерев'яний хрест 1662 року та рукописний синодик. На цвинтарі в огорожі монастиря похований старець Федір Кузьмич.
З книги С.В. Булгакова «Російські монастирі 1913 року»
Один із найстаріших монастирів у Сибіру. Заснований у 1605 році при гирлі річки Киргизки, за 9 верст від Томського острогу, і був названий у народі Усть-Киргизьким або Богородицьким. У перший же рік щойно відбудовані монастирські будівлі та церква були зруйновані льодами під час весняного льодоходу, після чого монастир був перенесений на версту вгору Великою Киргизською на високе і захищене від повеней місце. На відстані від Томської фортеці становище монастиря було небезпечним: незважаючи на те, що він був добре укріплений і оточений оборонними ровами та насипом, він часто страждав від набігів кочових киргизів та татар. Пожежа 1656 знищила нововлаштований храм. Чергове будівництво зупинилося через відсутність коштів.
Старець Єфрем, який був на той час будівельником монастиря, ухвалив рішення про перенесення монастиря до міста з ради воєводи та громадян Томська "...за їх згодним вибором місця". І поставили монастир знову на Юрточній горі, найвищій на всій околиці. У 1663 році будівництво монастиря на новому місці завершив новий настоятель - схіїгумен Ісая. Обитель розташовувалася поруч із церквою в ім'я Олексія Людини Божої, яка на той час понад 30 років стояла на Юрточній горі. Після об'єднання обителі з Олексіївською церквою Усть-Киргизький Богородицький монастир став іменуватися Богородицею-Олексіївською. Новий монастир був фортецю і став частиною оборонних споруд Томська. За кілька років обитель витримала безліч облог "з боку калмацької приходу", найзначніша з яких була в 1668 році.
Місце первісного влаштування монастиря на річці Киргизська було відзначено старцем Ісаїї великим пам'ятним хрестом. Напис на ньому говорив: "Літо 7170 (1662) року влаштований бути життєдайний хрест Господній, на ньому ж уявили розп'яття Господа нашого Ісуса Христа при державі благовірного і благочестивого Государя царя і великого князя Олексія Михайловича всія Великі і Малі і Білі Росії і обіцянці Томського міста монастиря Богородиці Казанські: будівельника Ісії, що про Христа з братією.
У 1662 році в монастирі було зведено перший (всього за історію обителі їх було чотири) дерев'яний трипрестольний храм на честь Казанської ікони Божої Матері з північним приділом в ім'я свв. мчч. Флора і Лавра і південні в ім'я Олексія людини Божої. На початку 1660-х років будівник монастиря старець Ісая подав цареві Олексію Михайловичу чолобитну, в якій просив завітати обитель грошима та щорічною ругою. Цар наказав видавати служителям монастиря платню річного лайки, а також надіслав з царської ризниці богослужбові книги, ікони, дзвони, вбрання і все необхідне церковне начиння.
На початку XVIII століття обитель володіла значними земельними угіддями та рибними промислами. Збільшення монастирських угідь вимагало безлічі робочих рук. Монастир набирав селян і розсилав їх для заселення своїх земельних наділів у Верхотомському стані, біля Іштанської протоки та на р. Шегарці. Вже у 1760-х роках на монастирських наділах жило понад 400 "чоловічих ревізських душ".
На момент свого створення в 1605 монастир, як і весь Сибір, входив до складу Вологодської єпархії. У 1620 році з призначенням до Тобольська першого сибірського архієпископа Кіпріана (Старорусенкова) монастир входить до складу Сибірської та Тобольської архієпископії аж до відкриття в 1834 самостійної Томської єпархії. У 1681 році монастир був прийнятий під особисту заступництво царя Феодора Олексійовича.
З моменту свого заснування монастир стає великим місіонерським центром. Вже на початку XVII століття на острові Хрестовому (Хрещеному) при злитті річок Томі та Обі ченцями-місіонерами відбувалися перші хрещення інородців півдня Сибіру. А до середини XVII століття на монастирських угіддях у Нагірному Іштані було влаштовано одне з перших місіонерських станов.
У 1698 році настоятелем Іоною-греком в монастирі була заснована російська школа, яка стала початком всієї майбутньої освітньої системи Томська. У 1744-1746 роках з благословення єпархіальної влади обителі відкривається перше Півдні Сибіру російське духовне училище. У 1818 році працями архімандрита Ієроніма-"Гімназіарха" (Кириллова) була відкрита перша в Томську російсько-латинська гімназія. Через два роки вона була перетворена на Томське духовне училище. У XVII столітті за монастиря з'явилася перша в краї лікарня. В історичних матеріалах XVIII століття монастирська лікарня описується вже як "досить велика" і має гарний устрій.
Після реформи 1764 року було втрачено значні земельні володіння монастиря, він був зарахований до розряду третьокласних монастирів із казенною платнею, у ньому було скасовано архімандричне правління. Поступово братія монастиря стала складатися з старих ченців.
З 1807 року Богородице-Олексіївський монастир, як обитель губернського міста, став знову керуватися архімандритом. За указом Св. Синоду від 30 вересня 1809 року монастир зі штатного третьокласного був звернений до гуртожиткового. З 1835 монастир був резиденцією томських архієреїв. На його території було збудовано архієрейський будинок.
У 1830-х роках навколо монастиря вперше було зведено кам'яну огорожу з головними та економічними воротами та кутовими вежами, що надало монастирю величного вигляду. У південно-східній вежі знаходилася антимінсна каплиця, в якій відбувалися поминальні служби. Інша старовинна каплиця розташовувалася на монастирському цвинтарі. Справжньою пам'яткою монастиря став незвичайний сад, улаштований стараннями єпископа Афанасія (Соколова) у південній частині обителі. Зі своїм озером, горою, чернечими келіями та цвинтарем він представляв символічний образ Святої Палестинської землі.
У 1882-1899 роках у монастирі розміщувалася духовна семінарія. 1898 року в монастирському флігелі було відкрито школу грамоти, в якій, за відомостями 1900 року, навчалося 16 хлопчиків.
Монастир було закрито влітку 1923 року. Братія монастиря перейшла на монастирську займку, т.зв. "Архімандритську". Тут, на стародавньому місці розташування обителі при гирлі нар. Киргизки, був заміський будинок архімандритів і був дерев'яний Покровський храм. Аж до 1926 року тут трудилося 26 насельників монастиря, своєю працею добуючи їжу. У 1920-х років почалося повне знищення монастиря. У 1925-26 роках ченці, які вже приречені на смерть, проживали в братському корпусі. Їм було заборонено виходити із келій під страхом смерті. Доля всіх насельників монастиря невідома, проте найбільша частина братії була схоплена та розстріляна на горі Каштак.
Згодом територію монастиря було передано у відання Педагогічного училища № 2 і забудовано новими будинками, незважаючи на те, що в 1923 році монастир був взятий на облік музейним відділом Головнауки як пам'ятка старовини, що має державне значення. Під час Великої Вітчизняної війни у монастирі розміщувалися майстерні з пошиття військового обмундирування та школа санітарних інструкторів. На початку 1960-х років були розібрані кутові вежі та святі ворота обителі.
У 1980-х роках було зроблено спробу відновити монастирський комплекс як музей, що обмежилася лише частковою реставрацією храму обителі.
1991 року територію обителі відвідав Святіший Патріарх Алексій II. В 1992 єпископ Новосибірський і Бердський Тихін (Ємельянов) здійснив урочисте відкриття монастиря. До 1994 року господарем храму залишався художній музей. Цього ж року відбулося повне повернення храму віруючим. У 1995 році обителі було передано відреставрований Казанський собор. У цьому ж році відбулося здобуття мощів св. прав. Феодора. У 1996 році було повернуто колишній настоятельський корпус, де тепер розміщуються чернечі келії.
Казанський храм.Кам'яний храм було закладено у 1776 році з благословення свт. Варлаама (Петрова), архієпископа Тобольського та всієї Сибіру. У 1779 році були освячені бокові бокові вівтарі храму, присвячені святим мученикам Флору і Лавру (північний) і преподобному Олексію людині Божій (південний). І лише 1789 року було освячено головний престол на честь Казанської ікони Божої Матері. Справжньою окрасою монастиря стала дзвіниця храму, збудована у 1860 році. У 1863 році на неї було піднято «Урочистий» 303-пудовий дзвін. Спочатку у другому ярусі дзвіниці хотіли розмістити престол в ім'я св. прав. Лазаря Четвероденного, але згодом тут було влаштовано архів та сховище старовин монастиря. Після закриття монастиря храм продовжував діяти як парафіяльний. 17 грудня 1929 року рішенням Сибірського крайвиконкому м. Томську церква було закрито. Згодом її було частково розібрано. На початку 1980-х років храм був "... обрубок старовинної будівлі із залишками купола". На час початку відтворення монастиря наприкінці XX століття не збереглися дзвіниця, апсида, завершення та покриття самого храму. На початку 1990-х років було проведено масштабні реставраційні роботи, внаслідок яких храм було повністю відновлено.
Каплиця св. Феодора Томського.У 1904 року над могилою всенародно шанованого старця св. Феодора, розташованої за його заповітом в огорожі монастиря, було збудовано кам'яну каплицю. На головній часовій іконі було зображено св. блгв. кн. Олександр Невський – небесний покровитель Імператора Олександра I та св. Феодор Стратилат – покровитель старця Феодора Кузьмича. За радянських часів було розібрано на цеглу для спорудження світських будівель. У 1997-1998 роках каплиця-пам'ятка була відновлена за первісним проектом на колишніх фундаментах.
Трьохсвятительський храм.
Храм при брамі.Побудований наприкінці XX – на початку XXI століття.
https://drevo-info.ru/articles/23888.html
Літопис монастиря
1605 р. - Заснування Усть-Киргизького (Богородського) чоловічого монастиря за 9 верст від Томська на р. Велика Киргизська.
1606 - повінь зносяться церква і монастирські будівлі. Монастир переноситься на більш високе та безпечне місце вгору за течією річки.
1620 - з призначенням в Тобольськ першого сибірського архієпископа Кіпріана монастир входить до складу Сибірської і Тобольської архієпископії (до цього знаходився в складі Вологодської єпархії).
1656 р. - сталася пожежа, яка знищила новий дерев'яний храм обителі. Монастир переноситься до Томська на Юрточну гору.
1656 - Цар Олексій Михайлович завітав монастирю перший наділ земельних володінь за межами Томська.
1662 р. – у монастирі було зведено перший дерев'яний трипрестольний храм на честь Казанської ікони Божої Матері з вівтарями на честь преподобного Олексія Людини Божої та мучеників Флора та Лавра.
1663 р. – завершення будівництва монастиря на новому місці.
1681 р. - монастир у числі трьох найстаріших сибірських обителів прийнято під особисту заступництво царя Феодора Олексійовича.
1695 р. - ігумени Богородиці-Олексіївського монастиря одержують сан архімандритів.
1698 - в монастирі була відкрита перша в Томську школа.
З 17 століття при монастирі організовано першу в місті лікарню та богадельню.
1746р. - У монастирі відкривається російське духовне училище.
1750-ті р.р. -архім. Ісая встановив «начальницький монастирський благовіст»: міські церкви мали починати і закінчувати дзвони по дзвону монастирської церкви.
1764 - монастир стає штатним і зараховується до 3-го класу. Його настоятели знову стають ігуменами.
1769 - до томської обителі був приєднаний Кузнецький Христоріздвяний монастир.
1776 р. – закладається перший кам'яний храм обителі.
1779 р. - освячуються бічні боці нового храму на честь преподобного Олексія Людини Божої та мучеників Флора та Лавра.
1789 р. - освячується головний боковий вівтар храму на честь Казанської ікони Божої Матері.
1807 - відновлення архімандритії в монастирі.
1818 - при монастирі влаштована російсько-латинська гімназія.
1820 - гімназія перетворена в Томське духовне училище.
1834 р. – відкриття Томської єпархії.
1835 р. – Богородице-Олексіївський монастир стає резиденцією томських архієреїв, на території монастиря було збудовано архієрейський будинок.
1836 р. - розпочато будівництво кам'яної монастирської огорожі.
1860 - будується дзвіниця кам'яного собору.
1863 р. – в обителі встановлено «Урочистий» 303-пудовий дзвін.
1864 - кончина старця Феодора Кузьмича (св. прав. Феодора Томського).
1884 р. - у монастирі було збудовано кам'яний настоятельський корпус.
1891 - обитель відвідує Цесаревич Микола Олександрович, майбутній цар Микола II.
1904 р. – над склепом св. Феодора Томського зводиться кам'яна каплиця.
1908 р. – настоятелями Богородиці-Олексіївського монастиря стають вікарні єпископи з титулом «Барнаульський».
1923 р. – закриття монастиря; останнім настоятелем обителі був архімандрит Іраклій (Попов), який згодом став єпископом на Уралі, розстріляний у 30-х роках.
1923 - численні явища св. прав. Старця Феодора Томського біля каплиці та над стінами обителі.
1936 р. - згоріла, була перебудована та відчужена від монастиря будівля архієрейського будинку та домової церкви.
1936 р. - було розібрано каплицю св. прав. Феодора Томського.
1937 р. – була підпалена заміська церква Покрови Пресвятої Богородиці.
1941-45 р.р. - у монастирі розташовується військовий шпиталь.
1960-ті р.р. - Розбирається кам'яна огорожа та ворота обителі.
1991 - територію обителі відвідав Святіший Патріарх Алексій II.
1992 р. - єпископ Новосибірський та Бердський Тихін здійснив урочисте відкриття Томського Богородиці-Олексіївського монастиря.
1995 р. - обителі було передано відреставрований Казанський собор.
1995 р. - відбулося здобуття мощів св. прав. Феодора.
1996 - повернуто колишній настоятельський корпус, де тепер розміщуються чернечі келії.
1996-1998 р.р. - відновлено каплицю св. прав. Феодора Томського.
1999р. - намісником монастиря був призначений нині чинний ігумен Сілуан (Вьюров).
http://tbam.ru/O_monastire/Istoriya_i_sovremennost/
Богородице-Олексіївський чоловічий монастир м. Томська було засновано у 1605 році за 9 верст від Томська на р. Велика Киргизка і отримала назву Усть-Киргизька (Богородська). У 1656 році сталася пожежа, яка знищила дерев'яний храм обителі. Монастир перенесли до Томська на Юрточну гору.
У 1662 році в монастирі було зведено перший дерев'яний трипрестольний храм на честь Казанської ікони Божої Матері з вівтарями на честь преподобного Олексія, людини Божої, та мучеників Флора та Лавра. У 1681 році монастир серед трьох найстаріших сибірських обителів був прийнятий під особисту заступництво царя Феодора Олексійовича. 1695 року ігумени Богородиці-Олексіївського монастиря отримали сан архімандритів.
У 1698 році в монастирі було відкрито першу в Томську школу. З XVII століття при монастирі організовано першу в місті лікарню та богадельню. 1746 року в монастирі відкрито російське духовне училище. У 1764 році монастир став штатним і зарахований до 3-го класу. Його настоятели знову стали ігуменами.
Перший кам'яний, нині існуючий храм обителі було закладено 1776 року. У 1779 році були освячені бокові бокові вівтарі, а в 1789 році - головний боковий вівтар храму на честь Казанської ікони Божої Матері.
В 1818 при монастирі влаштована російсько-латинська гімназія, перетворена потім в Томське духовне училище. Після відкриття Томської єпархії з 1834 по 1883 р. Богородице-Олексіївський монастир став резиденцією томських архієреїв, на території монастиря було збудовано архієрейський будинок.
1864 року в огорожі обителі був похований святий праведний старець Феодор Томський. Могила старця стала місцем паломництва. Казанський храм і могилу старця Феодора біля вівтаря храму відвідували багато відомих і видатних людей Росії, у тому числі представники царського Будинку Романових: великі князі Володимир Олександрович (1868) та Олексій Олександрович (1873), цесаревич (з 1894 р. - імператор) Микола Олександрович (1891). 1904 року над склепом св. Феодора Томського шанувальниками старця було зведено кам'яну каплицю.
1923 року монастир був закритий; останнім настоятелем обителі був архімандрит Іраклій (Попов), який згодом став єпископом на Уралі, був розстріляний у 30-х роках. Того ж року відбувалися численні явлення святого праведного Феодора Томського біля каплиці та над стінами обителі. За одними відомостями, насельників обителі розстріляли в Томську, на Каштачній горі, за іншими — монаша братія перейшла на свою запозичення в гирлі річки Великої Киргизки, де проіснувала до літа 1937 року. Подальша доля насельників залишилася невідомою.
У 1941-1945 pp. у монастирі розташовувався військовий шпиталь. Згодом монастирські будівлі були передані Томському педагогічному технікуму, у тому числі й частково розібрана Казанська церква, з якої зірвали всі голови з хрестами, знесли дзвіницю, переобладнали її приміщення під майстерні та господарські потреби, а потім у ній влаштували спортзал.
У 1992 році будівлю Казанського храму та частину келійного корпусу було повністю передано Томському благочинню Російської Православної Церкви. У великодню ніч 1992 року відбулося перше богослужіння у храмі, що реставрується.
5 липня 1995 року відбулося набуття мощів святого праведного Феодора Томського. Мощі перебувають у Казанському храмі монастиря. У 1996-1998 роках. було відновлено каплицю над місцем його поховання.
Починаючи з 1992 року монастир відновлювався практично з руїн. За цей час було повністю відновлено Казанський храм, у тому числі й коштом, виділеним державою в рамках програми «Культура Росії». Було заново відбудовано монастирську стіну, розселено житлові будинки, що знаходилися на монастирській території. У 2006-2010 роках. в огорожі обителі було зведено новий триповерховий корпус із будинковим храмом в ім'я Трьох святителів. У ньому відкрився церковно-культурний центр та дитяча недільна школа. У монастирі діє найбільша у місті бібліотека духовної літератури. В даний час розпочалися будівельні роботи зі зведення північного корпусу монастиря.
